Από τη δεκαετία του ’80 οι σχέσεις Τουρκίας-Ισραήλ γνώρισαν σταδιακή αναθέρμανση με έτος σταθμό το 1996, οπότε και υπογράφηκαν οι μεταξύ τους συμφωνίες στρατιωτικής συνεργασίας και εκπαίδευσης. Οι συμφωνίες αυτές ήταν εξέχουσας στρατηγικής σημασίας, αφού οδήγησαν στην ανάδυση ενός φιλοδυτικού στρατηγικού άξονα, ο οποίος είχε σοβαρό αντίκτυπο στις περιφερειακές  ισορροπίες ισχύος.

Η άνοδος του ισλαμικού Κόμματος Δικαιοσύνης και Ανάπτυξης (ΑΚΡ) στην εξουσία του τουρκικού κράτους, το 2002, λειτούργησε σταδιακά με αρνητικό τρόπο στις σχέσεις των δύο χωρών για δύο βασικούς λόγους. Ο πρώτος λόγος ήταν οι συστημικές αλλαγές που επήλθαν στην περιοχή μετά την 11η Σεπτεμβρίου και την αμερικανική επέμβαση στο Ιράκ (2003), και ο δεύτερος λόγος ήταν η ίδια η ιδεολογία του ΑΚΡ, το οποίο βρίσκεται μεταξύ πολιτικού Ισλάμ και δημοκρατικού κόμματος, παρόλο που απορρίπτει τη σχέση του με το πολιτικό Ισλάμ και διακηρύττει ότι είναι απλώς ένα «συντηρητικό, δημοκρατικό» κόμμα. Όσον αφορά τον πρώτο λόγο, η Τουρκία κλήθηκε να διαχειριστεί ένα ιδιαίτερα ασταθές γεωπολιτικό περιβάλλον τόσο για την ίδια όσο και για τα δυτικά συμφέροντα, που την έφερε πιο κοντά στον αραβο-μουσουλμανικό κόσμο, ενώ σε σχέση με τον δεύτερο λόγο, η ιδεολογία του κόμματος αλλά και το δόγμα του «στρατηγικού βάθους» υπεδείκνυαν καλύτερες σχέσεις με τη Μέση Ανατολή και διατήρηση απόστασης από τη Δύση και το Ισραήλ. Hπροσέγγιση του ΑΚΡ στον αραβο-μουσουλμανικό κόσμο και η αντι-δυτική του στάση έλαβε ακόμα μεγαλύτερες διαστάσεις, όταν μετά το 2006 η Ευρωπαϊκή Ένωση απογοήτευσε την Άγκυρα ως προς την ενταξιακή της προοπτική, ενώ οι τριβές μεταξύ Άγκυρας και Ουάσιγκτον για το ζήτημα του Ιράκ – το οποίο συμπεριλάμβανε και την σημαντική παράμετρο ασφάλειας του Κουρδικού – συνεχίζονταν.

Μεταξύ των παραγόντων που επηρέασαν την δημιουργία εξωτερικής πολιτικής στην Τουρκία μετά την άνοδο του Κόμματος Δικαιοσύνης και Ανάπτυξης (AKP) στην εξουσία (2002), εκτός από μια ανανεωμένη εκδοχή πολιτικού Ισλάμ και οικονομικο-κοινωνικών παραγόντων στο εσωτερικό, βασικό ρόλο έπαιξαν βέβαια και εξωτερικά γεωπολιτικά ζητήματα. Πέραν από τον πόλεμο του Αφγανιστάν (2001), που ήρθε ως αποτέλεσμα των τρομοκρατικών επιθέσεων της 11ης Σεπτεμβρίου στις ΗΠΑ και ανανέωσε το ρόλο της Τουρκίας στην περιοχή, η αμερικανική επέμβαση στο Ιράκ (2003) ήταν καθοριστικότατη τόσο για την ευρύτερη γεωπολιτική της Μέσης Ανατολής όσο και για την τουρκική εξωτερική πολιτική.

Συγκεκριμένα, οι επιχειρήσεις και οι πολιτικές των Αμερικανών στο Ιράκ μετά το 2003 δημιούργησαν προβλήματα στις αμερικανο-τουρκικές σχέσεις. Αυτό συνέβη κυρίως λόγω των συγκρουόμενων απόψεων των δύο μερών για το ζήτημα του Β. Ιράκ (Ιρακινό Κουρδιστάν). Η Τουρκία όχι μόνο αρνήθηκε την πρόσβαση σε αμερικανικά στρατεύματα στο Ιράκ μέσα από τα εδάφη της αλλά διαφώνησε με τις ΗΠΑ και στο ζήτημα της ομοσπονδοποίησης του Ιράκ, η οποία έδινε στο Β. Ιράκ (με πρωτεύουσα το Ερμπίλ) επισήμως πλέον μερική αυτονομία. Για τις ΗΠΑ, οι Κούρδοι του Ιράκ ήταν σύμμαχοι κατά του καθεστώτος Σαντάμ, ενώ οι κουρδικές περιοχές πόλος σταθερότητας μέσα στην συγκρουσιακή κατάσταση που επικρατούσε στη χώρα. Οι ΗΠΑ όμως με τους τρόπους τους δεν έλαβαν υπόψη τις ανασφάλειες της Άγκυρας στο κουρδικό ζήτημα, γεγονός που οδήγησε την Τουρκία σε μια πολύ επιφυλακτική στάση έναντι των πρώτων, θεωρώντας ότι μπορεί να έχουν ένα μακροπρόθεσμο σχέδιο που θα περιελάμβανε το διαμελισμό και της ίδιας.